의료업을 영위하는 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용방법

비영리내국법인이 「조세특례제한법 시행령」 제70조제5항에서 정하는 특례대상 지역과 그 외 지역에 각각 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 경우 특례대상 지역의 의료기관에서 발생하는 의료업 수익사업소득에 한해 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것임

[회신] 비영리내국법인이 「조세특례제한법 시행령」 제70조제5항에서 정하는 특례대상 지역과 그 외 지역에 각각 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 경우 특례대상 지역의 의료기관에서 발생하는 의료업 수익사업소득에 한해 「조세특례제한법」제74조제4항에 따라 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있고, 특례대상지역 이외의 지역에서 발생하는 의료업 수익사업소득은 100분의 50을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 보건업을 고유목적사업으로 하는 비영리법인으로 - 군산시에서 병원을 운영하며 병원수익은 ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항 에 따라 100% 고유목적사업준비금을 설정하고 있음 ○ ’18년에 청주시와 익산시에 분원을 설치함 2. 질의내용 ○ ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항 에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받을 수 있는 의료기관을 운영하는 비영리법인이 - 조특령§70⑤에서 규정한 지역 외에 분원을 설치하여 운영하는 경우 전체 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입이 가능한지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가.「사립학교법」에 따른 학교법인 나.～바. (생략) 2.「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원 나.～사. (생략) 4.「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인 5.「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인 6.～9. (생략) ④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. ○ 조세특례제한법 시행령 제70조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑤ 법 제74조제4항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다. 1. 인구수가 30만명 이하인 시( 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 제주특별자치도에 두는 행정시를 포함한다)ㆍ군 지역 2.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 또는 「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제29조의3 【고유목적사업준비금의 손금산입 특례를 적용받은 비영리의료법인 소재지역의 범위】 영 제70조제5항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 별표 8의6에 따른 지역을 말한다. | [별표 8의6] | | 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받는 비영리의료법인 소재 지역의 범위(제29조의3 관련) | | 경기도 | 동두천시, 오산시, 이천시, 안성시, 김포시, 광주시, 양주시, 포천시, 여주군, 연천군, 가평군, 양평군 | | 강원도 | 강릉시, 동해시, 태백시, 속초시, 삼척시, 홍천군, 횡성군, 영월군, 평창군, 정선군, 철원군, 화천군, 양구군, 인제군, 고성군, 양양군 | | 충청북도 | 제천시, 청원군, 보은군, 옥천군, 영동군, 증평군, 진천군, 괴산군, 음성군, 단양군 | | 충청남도 | 공주시, 보령시, 아산시, 서산시, 논산시, 계룡시, 금산군, 연기군, 부여군, 서천군, 청양군, 홍성군, 예산군, 태안군, 당진군 | | 전라북도 | 군산시, 정읍시, 남원시, 김제시, 완주군, 진안군, 무주군, 장수군, 임실군, 순창군, 고창군, 부안군 | | 전라남도 | 목포시, 여수시, 순천시, 나주시, 광양시, 담양군, 곡성군, 구례군, 고흥군, 보성군, 장흥군, 강진군, 해남군, 영암군, 무안군, 함평군, 영광군, 장성군, 완도군, 진도군, 신안군 | | 경상북도 | 김천시, 안동시, 영주시, 상주시, 문경시, 경산시, 군위군, 의성군, 청송군, 영양군, 영덕군, 청도군, 고령군, 성주군, 칠곡군, 예천군, 봉화군, 울진군, 울릉군 | | 경상남도 | 진해시, 통영시, 사천시, 밀양시, 거제시, 의령군, 함안군, 창녕군, 고성군, 남해군, 하동군, 산청군, 함양군, 거창군, 합천군 | | 제주도 | 서귀포시 | ○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. ④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다. 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조 에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액 가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호 에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액 다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 4. 관련사례 ○ 법령해석과-1239, 2019.5.15. 종교보급과 교화사업을 고유목적사업으로 하는 비영리법인인 종교단체가 수익사업인 출판업과「조세특례제한법」제74조제4항에 따른 특례 대상 의료업을 함께 영위하는 경우 해당 종교단체는 의료업에서 발생한 수익사업소득의 전액과 출판업에서 발생한 수익사업소득의 100분의 50을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있으며, 해당 종교단체가 의료업 수익사업소득의 전액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우, 해당 수익사업소득의 100분의 50에 해당하는 고유목적사업준비금은 본래의 고유목적사업인 종교보급 및 교화사업과 「법인세법 시행령」 제56조제6항제3호 에 따른 의료기기 취득 등의 고유목적사업(이하 “의료목적사업”)이나 지정기부금 지출에 제한 없이 사용할 수 있으나, 의료업 수익사업소득의 100분의 50을 초과하는 금액에 상당하는 고유목적사업준비금은 의료목적사업이나 지정기부금 지출에만 사용할 수 있는 것임 ○ 서면2팀-1287, 2005.8.16. 미술관진흥법에 의하여 등록한 미술관을 운영하는 비영리법인이 「조세특례제한법」제74조 제1항의 규정에 따라 미술관 입장객을 대상으로 하는 수익사업소득에 대하여는 100% 고유목적사업준비금을 설정 할 수 있고, 「법인세법」제29조 제1항의 규정에 따라 이자·배당소득 및 그 외의 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입 하는 것이며, 이 경우 '입장료 수입 등' 을 영위하는 수익사업소득은 결손이 발생하고 기타 수익사업(소득금액의 50%를 고유목적사업준비금을 설정)은 소득이 발생한 경우 고유목적사업준비금 설정 시 통산을 하지 아니하고 각각의 소득금액에 대하여 설정하는 것으로써 '입장료 수입 등'은 0으로 보고 기타 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 50%를 한도로 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 것임